Есть последовательности аппликатур, которые сыграть легато без кваканья и других дефектов невозможно просто в силу физических свойств блокфлейты. Исполнитель тут ни при чём.
Есть такие, которые в принципе можно сыграть, как-то аккуратно "прикрыв" звуковые дефекты перехода - но это очень сложно и долго тренироваться...
В таких случаях используйте альтернативные аппликатуры.
Например, никогда не играйте трель "ре - ми" во второй октаве чередованием стандартных аппликатур
- -2- ----
и
(/) 123 45--
|