[Roman]

Посмотрите внутренний канал, не осталось после сверления каких-то шерохватостей, если есть удалите. Возможно что вы просто не плотно закрываете отверстия и где-то есть утечка. Попробуйте заклеить пять отверстий например малярным скотчем, чтобы быть уверены в том, что отверстия закрыты. Шестое оставьте для настройки. Мне кажется, оно у вас маловато. Это, кстати тоже может быть причиной неувереного голоса флейты. Так и настраивайте, открывайте по одному отверстия и настраивайте, растачивая диаметр отверстия пока не получите нужную ноту.
Удачи.