Ну ансамбль флейта-клавесин я слышу достаточно часто - и именно сонаты Баха. Честно сказать, в составе флейта-ф-но слышал их только в ученическом исполнении. Соответственно не могу сказать, что это вызывает у меня какое-либо отторжение. Тем более флейта-траверсо и флейта современная значительно более близкие инструменты,чем например траверсо и блокфлейта.
Вот например
http://sklad.saransk.ru/file/1ea0110...05aebaeb412430 - помоему очень хорошая запись именно такого состава. Играет Galway. Хотя многие флейтисты считают, что он играет не в стиле, мне очень нравится.