[amateur]

Насколько я понял, трещины наблюдаются только внутри? Тогда по логике следует, что они уже были, когда флейта попала в руки. Видать до этого на ней долго не играли и она пересохла. Как происходит растрескивание? При игре канал намокает и немного разбухает. При этом наруже в сухих слоях появляются напряжения (они же не разбухают) и возникает опасность растрескивание, но именно по наруже. Флейта в процессе долгого хранения сильно высохла. Возможно дерево было не достаточно качественное и выдержанное/высушеное. При этом изнутри она высыхала быстрее, т.к. снаружи флейта наверно защищена лаком. Внутренние слои сжались сильнее/быстрее и дали трещину. Далее можно предположить, что при игре эти трещины должны уменьшаться при разбухании дерева внуренних слоев. А эти трещины возможно будут даже предотвращать/защищать от растрескивания верхние слои, работая, как примеру работают зазоры на стыках рельс. Если внутри канал не защищен конкретно (пропитка с парафином и тп) от намокания, то я думаю лучше не заливать их цианокрилатом. Если предполагается серьезная пропитка, то можно высушить хорошо и перед пропиткой залить аккуратно (только трещины). Не думаю что это ухудшит звук.
Это просто мои логические измышления в тему.