Кошмар какой! Из причин.. ну, вы можете протирать тканью которая не впитывает влагу, это раз, флейта на ощупь сухая после протирки? Во-вторых, вы можете сразу убирать после игры в герметичный пластиковый чехол, что есть плохо. А может у вас дома влажность 100%?) ИМХО, инструменту мало чем можно помочь..если сопранка не дорогая, то стоит попробовать жесткой тканью снять плесень и пропитать раствором фенола например, таким же образом как и когда промасливаете- нанести слегка флажной тканью..и через минутку-две вытерть насухо...
Если инструмент дорогой то только к мастеру...