На первых порах пальцы могут закрывать не полностью некоторые дырки, оставляя щели, что пагубно сказывается на звукоизвлечение, и в частности на нижнее фа.
Ну и играя нижние ноты атака действительно должна быть мягкой. Играя на флейте, нужно задействовать при дыхании диафрагму, формировать выдох животом. Я поначалу по привычке выдыхал грудью, и нижние ноты вобще не мог выдуть, так как дыхание таким образом трудно было контролировать.
Вот тут
есть описание некоторых упражнений на дыхание под заголовком "Дыхание для музыкантов"