Дело хозяйское. Но учитывай, что таким образом - играя по аппликатурам - ты рискуешь надолго себя к этим самым аппликатурам привязать. Я знаю пару гитаристов, которые играют уже несколько лет, но совершенно беспомощны без табулатур. Печальное зрелище...
Такой программы, какую ты ищешь, я не знаю. Есть программы-тренажеры типа Virtual Recorder для заучивания аппликатуры. Поищи по ключевым словам "интерактивная аппликатура блокфлейты".
Набирать ноты, выбирать инструменты и все это проигрывать могут нотные редакторы - Final, Sibelius и др. Если их нет, можно воспользоваться демо-версией Финала - NotePad. Вот тут, например:
можно его скачать. (Там даже написано, что в последней версии есть и гитарные табулатуры.)
Отсканированные аппликатурные таблицы для блокфлейт можно посмотреть, например, тут:
Хилые решетки (типа диеза) и вялые брюшки (типа бемоля) там есть :D
Удачи!